Sobre el siglo XIII, se menciona a este entrañable municipio como "Fuent Rubia", nombre que se pone por el color de las aguas de la Fuente o Manantial, provocado por el color rojizo de la arcilla característica de esa zona.

A mediados del siglo XIX se conoce al lugar como "Honrrubia" y "Fuenrubia". Y en el siglo XX se añadió "de la Cuesta". Donde existían alrededor de unas 180 casas, ayuntamiento, posada pública, casa de postas, escuelas compuesto por  unos 50 chicos y  50 chicas con su maestro y maestra, un sacerdote, veterinario, médico, matadero y cuartel de la Guardia Civil con su correspodiente carcel. Se cultivaba trigo, cebada, centeno, avena, algarrobas y vino (actualmente es de la Denominación Origen Ribera de Duero), marcar que cada familia poseía su bodega particular. Tenían ganado vacuno, porcino y lanar.

Honrubia de la Cuesta está situada junto a la Autovía A-I, en el Norte de la Provincia de Segovia, lugar limítrofe con la Provincia de Burgos, a  una altitud de 1.001 metros, cerca de los 21 km2, y con una población alrededor de los 60 habitantes. Con el particular tono rojizo del terreno.

Señalar cariñosamente la Iglesia de San Cristóbal situada en lo más alto del pueblo, levantado sobre grandes piedras con una prominente torre, extensa nave con crucero.

También destacar la devoción que sus vecinos evocan a la Virgen del Lirio, que tal y como cuenta la historia, se apareció la Virgen a unos pastor junto a un pozo, donde se levanto en un alto  el santuario, "la Ermita de Nuestra Señora del Lirio", que como dice el Cantar " Como Lirio entre espinos, así es mi amiga entre las vírgenes".

La historia cuenta que eran tres hermanas, la dicha Virgen del Lirio de Honrubia de La Cuesta, la Virgen de Las Viñas de Aranda de Duero y la Virgen de Hontanares en la localidad de Riaza.

Son las fiestas en honor a la Virgen del Lirio el primer fin de semana de julo y primer fin de semana de septiembre.

Igualmente relatar las batallas de guerrillas que ocurrieron en la zona de Honrubia de La Cuesta y localidades cercanas, destacando entre los más famosos guerrilleros a Juan Martín apodado El Empecinado:

JUAN MARTÍN DÍEZ, aunque natural de Castrillo de Duero, era hijo de Juan Martín natural de Castro de Fuentidueña (Segovia) donde también habían nacido sus abuelos paternos.  

Cuando en el mes de Mayo de 1.808, llegó a Castrillo de Duero, la noticia de la tragedia del Dos de Mayo, Juan Martín, ya tenia formada su  partida integrada por su vecino Blas Paredes, y el joven de 16 años Juan García, natural de Cuevas de Provanco. La suya fue, sin duda, la primera partida guerrillera que comenzó a actuar en la lucha española contra el francés. El bautizo guerrillero del Empecinado tras la legendaria acción de "El Salto del Caballo", cerca de Peñafiel, tendrá lugar a finales de abril de 1808, en el segoviano pueblo de Honrubia de la Cuesta, cuando intercepten un correo francés formado por cuatro soldados. Este sería el inicio de las innumerables correrías del aguerrido guerrillero por tierras segovianas.

Durante el primer trimestre de 1809, la provincia de Segovia se convierte en el principal escenario de las acciones de Juan Martín.